Я обычно делаю оверлей с помощью pygame. Через winapi можно задать цветовой ключ, который будет как прозрачный. Далее делаем так, чтобы клики проходили сквозь окно, убираем рамку. Вуаля, у нас есть абсолютно прозрачное окно, которое можно накладывать поверх других окон и рисовать всё что вздумается.enter image description here