Verificar se não possui duas instalações do php na sua maquina.
Por exemplo:
c:\php
c:\laragon\bin\php
c:\xampp\bin\php
Ao executar o xdebug pelo pelo VsCode, ele pode estar iniciando o php relacionado a outra instalação na maquina.
Altere as variaveis de ambiente para a pasta do php que você realizou a alteração do php.ini