Если я Вас правильно понял вам необходимо работать в третьем ноутбуке с переменными из первых двух имеющие одинаковые название, я при своей работе использовал модуль nbparameterise Выглядеть примерно так:

from nbparameterise import extract_parameters, parameter_values, run_notebook

Откройте блокнот sub.ipynb

with open('sub.ipynb') as f:

nb = read(f, as_version=4)

Извлеките параметры из sub.ipynb

orig_parameters = extract_parameters(nb)

Создайте новый набор параметров с измененными значениями

params = parameter_values(orig_parameters, x=x_main)

Запустите блокнот sub.ipynb с новыми параметрами

new_nb = run_notebook(nb, parameters=params)

Извлеките результат из sub.ipynb

y_sub = new_nb.cells[-1]['outputs'][0]['data']['text/plain']

Надеюсь Помог вам )