This script works for me:

#!/bin/bash

echo "Procurando mysqld zumbis que travam ibdata1..."

for file in $(find . -name ibdata1); do
 echo "Verificando arquivo: $file"
 pid=$(sudo fuser "$file" 2>/dev/null)
 for p in $pid; do
      if ! grep -q "/docker/" /proc/$p/cgroup; then
       echo "Matando mysqld fora do Docker (PID $p) que está usando $file"
       sudo kill -9 $p
      fi
  done
done