Yo lo hice asi:

$bd_empresa='tubasededatos';
$host='nombrehost';
$usuariobd = 'nombre usuario';
$clave = 'clave';
  //Conexion
   $dsn = "mysql:dbname=$bd_empresa;host=$host;charset=utf8";

try {
    $conn_emp = new PDO($dsn, $usuariobd, $clave, array(
                    PDO::MYSQL_ATTR_LOCAL_INFILE => true,));
    $conn_emp->setAttribute(PDO::ATTR_ERRMODE, PDO::ERRMODE_EXCEPTION);
    $conn_emp->exec("set names utf8");
    $conn_emp->query("SET SESSION sql_mode = ''");
    echo 'Conexion establecida<br>';
} catch (PDOException $e) {
    echo utf8_decode('Fallo en la conexión: ') . $e->getMessage();
}

function valida_index($tabla, $index){
    global $conn_emp;
    $Rindex=0;
    $siindex = "SHOW INDEX FROM $tabla WHERE KEY_NAME = '$index'";
    try{
       $Qindex = $conn_emp->query($siindex);
    }catch (PDOException $e) {
       echo utf8_decode('No se pudo consultar la informacion suministrada: ') . $e->getMessage();
       return $Rindex;
   }
   $Rindex = $Qindex->rowCount();
   return $Rindex;
}



$index = 'tuindice'; //Debe ser el nombre de un campo de la tabla
$tabla = 'tutabla';

$Rindex = valida_index($tabla, $index);

//echo $Rindex.'<br>';
if($Rindex>0){
   echo "Ya existe un indice: $index en esa tabla: $tabla<br>";
}else{
   $Tcolum = "ALTER TABLE $tabla ADD INDEX ($index)";
   try{
      $Qcolum =  $conn_emp->query($Tcolum);
      $Qcolum->closeCursor();
   }catch (Exception $e){
      echo utf8_decode('No se pudo crear el indice. Revise que este bien el nombre de la tabla y el campo del indice<br>') . $e->getMessage();
      return;
   }
   echo "El indice: $index fue creado, en la tabla: $tabla";
}
return;